Située en Terre Sainte, partie la plus occidentale du canton de Vaud (Suisse), la commune est entourée au Sud par Tannay, à l'Ouest par Chavannes-des-Bois et Grilly dans le Département français de l'Ain, au Nord par Chavannes-de-Bogis et Founex et à l'Est par Coppet. Commugny, avec ses 6,5 km² (652 hectares), est la plus étendue des 8 communes de la région de Terre Sainte (25% de la surface totale). Les altitudes s'étagent de 400 à 483 m. L'église se trouve à une altitude de 419 m représentative de la zone habitée. Les pentes sont douces, sauf peut-être celles de la colline coiffée par l'église.
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